27 июля 1987 года приказом Главного управления Государственного таможенного контроля при Совете Министров СССР N 81 в Магнитогорске создана первая на Урале таможня. Зонами деятельности для Магнитогорской таможни были определены 5 областей Урала (Пермская, Тюменская, Курганская, Челябинская, Свердловская) и Башкирия.

Первым начальником таможни был назначен Пелипадченко Александр Сергеевич. Приказом о создании таможни в городе Магнитогорске был предусмотрен штат из пяти человек. Первыми таможенниками на Урале стали Ольга Ивановна Быкова, Александр Михайлович Рыбаков и Валерий Васильевич Губарь.

1995 год вполне можно назвать рубежным. Именно в этом году Магнитогорская таможня вышла на качественно новый уровень организации, заняла прочное место в защите экономических интересов Уральского региона, регулировании рыночной экономики.

В 2002 создан Магнитогорский железнодорожный таможенный пост со штатной численностью 29 человек. Зона деятельности поста – город Магнитогорск.

Таможенный пост «Аэропорт-Магнитогорск» создан в 2003 со штатной численностью 5 человек. Но первыми пассажирами-международниками, стартовавшими из Магнитогорска в Европу в феврале 2000 года, стала хоккейная команда «Металлург», отправившаяся в Цюрих на турнир сильнейших клубов и вернувшаяся с победным кубком. До сих пор этот пост является воздушными пограничными воротами города.

Сегодня Магнитогорская таможня – это многофункциональная таможенная система, позволяющая качественно администрировать процессы, выполнять экономические, фискальные, правоохранительные функции и иные поставленные задачи, это высокопрофессиональный и сплоченный коллектив. В составе таможни 3 таможенных поста: Магнитогорский железнодорожный таможенный пост, Карталинский таможенный пост и таможенный пост Аэропорт Магнитогорск, 3 отдела в составе постов, 1 отделение в составе постов, 15 самостоятельных отделов, всего 18 отделов; 12 самостоятельных отделений, всего 13 отделений, врачебный здравпункт.